Фонд Вишневской-Ростроповича проводит работу по улучшению здоровья детей в Азербайджане с 2003 года.

В апреле 2009 года Фонд Вишневской-Ростроповича и Министерство здравоохранения Азербайджана на партнерских началах начали программу по предотвращению вертикальной передачи ВИЧ-инфекции и гепатита В от матери к ребенку.

Программа защищает новорожденных детей от этих двух опасных инфекционных заболеваний, а также предоставляет надежные эпидемиологические данные по ВИЧ-инфекции и гепатиту В, что дает возможность органам здравоохранения принимать стратегические решения, владея полной информацией.

Фонд Вишневской-Ростроповича также сыграл ключевую роль в содействии Министерству здравоохранения Азербайджана в ликвидации кори и предотвращении синдрома врожденной краснухи. Это содействие предусматривало проведение плановой вакцинации детей против кори, краснухи и эпидемического паротита, выполняемой в настоящее время всецело силами Министерства здравоохранения. Помощь фонда также включала организацию кампании массовой иммунизации против кори и краснухи, модернизацию системы хранения и доставки вакцин, а также создание современной электронной системы эпидемиологического надзора при сотрудничестве с Всемирной Организацией Здравоохранения и правительством США.

Фонд также расширил свою работу по борьбе с кишечными паразитами у школьников, уделяя особое внимание школам с большим числом учащихся детей из семей перемещенных лиц со времен Нагорнокарабахского конфликта.